Cosmic Era 71. La guerra tra i Coordinator e i Natural è in corso da ben undici mesi. Kira Yamato, giovane Coordinator, vive sulla colonia neutrale di Heliopolis. La sua vita cambierà radicalmente quando un gruppo di soldati di ZAFT, l’esercito dei Coordinator, si infiltrerà nell’insediamento per rubare cinque prototipi di Mobile Suit prodotti in segreto dall’Alleanza Terrestre.